A FAPAS Campus II contará com estrutura específica para o desenvolvimento do processo de comunicação institucional. A organização administrativa e funcional estará sob o controle e supervisão do Diretor Geral, tem o objetivo de desenvolver projetos de comunicação capazes de transmitir as mesmas mensagens em diferentes ações, com intuito de alcançar públicos diversos.

Entre os serviços prestados, a Assessoria de Comunicação da FAPAS Campus II realizará trabalhos de pesquisa, assessoria e consultoria, planejamento, ações de comunicação dirigida, eventos e promoções especiais e divulgação para a imprensa. A meta principal do trabalho de Comunicação da FAPAS Campus II será o estabelecimento de um diálogo aberto entre a comunidade e a IES, com foco no fortalecimento da comunicação externa e interna da Faculdade. Assim, a FAPAS assume a tarefa de fazer com que o conhecimento gerado no âmbito acadêmico seja socializado com o grande público, a partir da ideia de educação e comunicação como instrumentos para o desenvolvimento educacional, humano, social e de cidadania.

Há uma boa relação entre a Mantenedora e a Mantida, mas destaca-se que não existirá interferência da Mantenedora para a Mantida e sim colaboração. Conforme o Regimento Geral, a Entidade Palotina de Educação e Cultura (EPEC) é responsável, perante as autoridades públicas e o público em geral, pela FAPAS Campus II. Cabe à Mantenedora tomar as medidas necessárias ao bom funcionamento da IES, respeitados os limites da lei e do referido Regimento Geral no que diz respeito à liberdade acadêmica do corpo docente e discente e a autoridade própria de seus órgãos deliberativos e executivos. A Mantenedora é, ainda, a responsável por nomear o Diretor, o Vice-Diretor, o Tesoureiro e o Secretário.